Игра стала продолжением сюжета знаменитой Assassin’s Creed 2. В ней мы вновь встречаем полюбившегося многим ассасина Эцио Аудиторе де Фирензе, достаточно возмужавшего, чтобы не просто взять в свои руки месть за убиенных отца и братьев, но воздвигнуть на пути тамплиеров непробиваемый щит в виде Братства Ассасинов.
В игре вам предстоит восстановить экономику Рима, разрушенную тираническим режимом Борджиа, освобождать районы от власти папских стражников, уничтожая хорошо защищенные башни и убивая капитанов гвардии.
Главной задачей станет защита частицы Эдема — мистического яблока, способного подчинять души. И, если в ранних частях мы могли использовать яблоко лишь условно, в наскриптованных сценках, то теперь появится возможность побегать по городу с артефактом в руке.
Разумеется, не обошлось и без изобретений Леонардо да Винчи. Ваш старый друг был схвачен бойцами Чезаре Борджиа (сына того самого Родриго, с которым мы столкнулись в конце прошлой игры) и был вынужден создавать для армии Чезаре уникальные боевые машины, отдаленно напоминающие танк, ракетный катер, пулемет Гатлинга, и легкий бомбардировщик. Когда вы встретите Лео, он объяснит вам, что у него не было другого выбора и попросит уничтожить смертоносную технику, намного опережающую свое время. Человечество еще не готово к её использованию.