Главный герой Risen 3 Titan Lords — как всегда безымянный, но уже не тот что был в Risen и Risen 2 Dark Waters. Новый протагонист — сын пирата Грегориуса «Стальной Бороды» и старший брат Пэтти, спутницы героя в Risen 2 Dark Waters. В самом начале игры он, вместе со своей сестрой Пэтти, отправляется на Крабовый Остров в поисках храма со сокровищами, в храме его душу поглощает могущественный повелитель теней, а его тело погибает на руках Пэтти. Спустя 3 недели после погребения, главного героя возвращает к жизни шаман-вуду Бонс. Теперь его цель — вернуть себе потерянную душу Для этого придется заручиться поддержкой одной из фракций в игре, снова собрать команду, обзавестись кораблём и попутно спасти мир.
В игре можно встретить знакомых по предыдущим частям персонажей, таких как Джаффар, Бонс, Пэтти, Грегориуса «Стальная Борода», Слейна, Инквизитора Мендосу и многих других, включая главного героя первых двух частей «Risen». Как и принято в играх Piranha Bytes, развитие сюжета связано с несколькими противоборствующими сторонами — здесь их три. Пираты, сотрудничающие с туземцами, охотники на демонов и стражи, защищающие изгнанных магов.